Ведет историю от Зачатьевской обители, основанной около 1370 г. женой великого Нижегородско-Суздальского князя Андрея Константиновича Василисой под кремлевских холмом на берегу Волги. Это был обычный для Древней Руси монастырь с рубленными строениями. В 1621 г. в нем стояли Покровская рубленая церковь с приделом в честь Михаила Малеина и 36 кельями. В 1685  и 1715 гг. монастырь выгорел "без остатку", к тому же бившие из-под горы родники постоянно разрушали строения. Поэтому в середине 18 в. епископ Дмитрий Сеченов перевел инокинь в Происхожденский женский монастырь, стоявший над обрывом Дятловых гор между Георгиевской башней каменного кремля и одноименной церковью. Во время церковной реформы 1764 г. все нижегородские женские обители были слиты в единый монастырь.

В 1809 г. он выгорел. Игуменья Дорофея Новикова добилась от губернатора А.Руновского и епископа Моисея согласия на перенос монастыря за территорию города, к кладбищенской Казанской церкви. Проект монастырского комплекса разработал губернский архитектор И.И. Межецкий. Он представлял собой крестообразный в плане собор, поставленные кареобразно 8 каменых корпусов (по два с каждой стороны), кирпичную ограду с небольшими круглыми башенками по углам и 4 въездами по осям. Над главными западными воротами возвышалась 34-метровая звонница с 7 колоколами (Благовестный - 197 пудов).

Строительсто началось в 1811 г. на полученные от чарского дома 12 тыс. руб. и вклады доброхотов. В 1813 г. губернатор С.А. Быховец докладывал в Санкт-Петербурге, что каменная ограда "с четырьмя по углам башнями и внутри 4 каменныя корпуса соврешенно отделаны и покрыты железом". В 1819 - 1823 гг. архитектор И.И. Межецкий спроектировал и построил собор, план которого представлял равноконечный крест (35х35) с четырьмя центральными пилонами, поддерживающими центральный купол. 4 малых главы ставились над крыльями. Здание отличалось оригинальным решением.

Весной 1832 г. центральная глава рухнула. В течение трех последующих лет под надзором архитектора А.Л. Леера была проведена капитальная перестройка здания. Тогда же А.Л. Леер спроектировал и построил для монастыря больничный корпус с церковью. В 19 в. в монастыре жило 30 - 35 инокинь и более ста белиц-послушинц, дочерей нижегородцев, отдаваемых для обучения и воспитания. В 1838 г. при монастыре было открыто женское училище. Содержалась обитель за счет пожертвований, сборов в часовне Нижегородской ярмарки, а также от рукоделия и мельницы, стоявшей на Волге, напротив с.Бирмина.

Большинство зданий монастырского ансамбля сохранилось (пл.Лялова), но находится в запущенном виде.