18 июня 1597 года во время оползня высокого правого берега Волги был разрушен древний Печерский монастырь. Обитель перенесли на версту ближе к Нижнему Новгороду, а на старом месте срубили памятную шатровую церковь Николы с приделом Евфимия Суздальского. В 1640 году после пожара в Печерском монастыре Никольский храм перенесли в обитель и поставили над святыми воротами. Прежнее место церкви огородили и возвели на нем большой крест, чтобы "тут никто не ходил, нечистоты б никакие не прикасались". Рядом сохранилась слободка из 5 дворов. Ближе к ней срубили на "новом месте, у старова у братского кладбища" церковь Спаса с приделами в честь Николы и Иоанна Богослова. В 1782 году она сгорела, после чего монастырские власти приступили к строительству каменного храма.

В 1785 году отстроили трапезную и в ней теплый правый придел в честь Иоанна Богослова, в 1790 году - парный Никольский. Оба придела освятил Нижегородский епископ Дамаскин. 13 июня 1798 года был освящен епископом Павлом главный Спасский престол.

На колокольне тогда располагалось 6 колоколов (большой весил 54 пуда). Церковь и трапезная были покрыты тесом, главы - белым железом. Кресты центральной главы и колокольни поставили деревянные, обили их белым железом, на приделах поставили железные просечные золоченые кресты.

Многократные позднейшие поновления и ремонты церкви заметно исказили ее первоначальный вид.