Спасение царской семьи во время крушения поезда в Борках 17 октября 1888 года было расценено чудесным. Алексеевская община Арзамаса обратилась к светским губернским и духовным властям с предложением в память этого события выстроить в Нижнем Новгороде на Варварской улице вместо старой деревянной каменную часовню.

При въезде в Варварские ворота рубленного Большого острога часовня стояла здесь с древних времен, но к концу XIX века перестала отмечать границу Нижнего Новгорода, оказалась внутри массива жилой застройки. И губернские власти дали такое согласие.

Вместе со сбором средств на строительство первый нижегородский епархиальный архитектор А.К.Никитин создал планы-фасады часовни, представляющей собой тип древнего шатрового храма с просторным одноапсидным алтарем, но без трапезной и колокольни. В художественном решении были использованы элементы древнерусской архитектуры: килевидные бочки, ширинки, штучный набор. Домовые иконописцы Алексеевской общины написали для часовни образа иконостаса. Это была их последняя работа, так существовавшая с 1793 года живописная мастерская выгорела летом 1891 года. Освящение часовни состоялось 17 сентября 1892 года.